Запуск (startvm.vbs):
CreateObject("Wscript.Shell").Run """c:\program files\sun\virtualbox\VBoxHeadless"" -startvm Ubuntu", 0, False
Остановка (stopvm.bat):
"c:\program files\sun\virtualbox\vboxmanage" controlvm Ubuntu savestate
Скрипт для остановки можно повесить и на автоматический запуск при выключении питания (тут надо гуглить)